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在使用 Opentrons Flex NGS 工作站處理 48 樣本的實(shí)驗(yàn)流程中,優(yōu)化板位布局是提升實(shí)驗(yàn)效率、保障實(shí)驗(yàn)準(zhǔn)確性的關(guān)鍵環(huán)節(jié)。合理的板位布局能夠減少移液路徑、避免交叉污染,充分發(fā)揮工作站的自動(dòng)化優(yōu)勢。以下將從遵循實(shí)驗(yàn)流程邏輯、考慮移液器操作特點(diǎn)、規(guī)避潛在干擾因素等方面,詳細(xì)介紹優(yōu)化板位布局的方法。
一、遵循實(shí)驗(yàn)流程邏輯規(guī)劃板位
確定關(guān)鍵實(shí)驗(yàn)步驟順序:以常見的 NGS 文庫制備流程為例,一般包含樣本裂解、磁珠純化、PCR 擴(kuò)增等步驟。在布局板位時(shí),應(yīng)按照這些步驟的先后順序,將對應(yīng)的耗材和試劑放置在相鄰或易于操作的位置。比如,將裝有樣本的 96 孔板放置在靠近工作站入口且方便移液器取液的位置,作為起始操作點(diǎn)。隨后,將用于樣本裂解的試劑槽就近放置,使移液器能夠快速在樣本孔板和試劑槽之間移液,完成裂解液添加操作,減少移液行程,提高實(shí)驗(yàn)效率。
整合同類操作耗材:對于涉及多次重復(fù)相同操作的步驟,將相關(guān)耗材集中放置。在磁珠純化過程中,磁珠儲存管、清洗液試劑槽以及用于收集洗脫液的孔板應(yīng)緊密排列。這樣,96 通道移液器在進(jìn)行多輪磁珠吸附、清洗、洗脫操作時(shí),無需頻繁更換移液路徑,能夠高效地對多個(gè)樣本同時(shí)進(jìn)行處理,降低操作復(fù)雜度,減少因操作不當(dāng)導(dǎo)致的誤差。
二、依據(jù)移液器特性安排板位
適配移液器類型與通道數(shù):Opentrons Flex NGS 工作站配備多種移液器,如 2x8 通道移液器和 96 通道移液器。若使用 2x8 通道移液器處理 48 樣本,可將樣本孔板按每 8 個(gè)樣本一組進(jìn)行劃分,對應(yīng)移液器的 8 個(gè)通道,將每組樣本孔板放置在移液器一次操作能夠覆蓋的區(qū)域內(nèi),確保移液器的每個(gè)通道都能準(zhǔn)確、高效地吸取和分配液體。對于 96 通道移液器,雖然處理 48 樣本時(shí)無需全部通道工作,但仍要保證孔板放置位置能使移液器輕松對準(zhǔn)樣本孔,避免出現(xiàn)通道與孔位不匹配或移液偏差的情況。
考慮移液器移液范圍與精度:不同量程的移液器在移液精度上存在差異。在板位布局時(shí),將需要高精度移液的操作(如添加珍貴的酶試劑、進(jìn)行微量體積的樣本轉(zhuǎn)移)對應(yīng)的耗材放置在移液器精度較高的工作區(qū)域。一般來說,移液器在接近其最大量程的 10% - 90% 范圍內(nèi)移液精度較高。例如,對于 1 - 50μL 量程的移液器,在處理 10 - 45μL 體積的液體轉(zhuǎn)移時(shí)精度更有保障,可將相關(guān)試劑瓶或樣本孔板設(shè)置在該移液器執(zhí)行此類移液操作最便捷的位置,以確保實(shí)驗(yàn)中關(guān)鍵液體量的準(zhǔn)確性。
三、規(guī)避干擾與提高操作便利性
減少交叉污染風(fēng)險(xiǎn):為防止不同樣本、試劑之間發(fā)生交叉污染,在板位布局上要嚴(yán)格區(qū)分不同功能區(qū)域。將陽性對照樣本、陰性對照樣本與實(shí)驗(yàn)樣本的孔板分開擺放,且保持一定距離,避免移液器在操作過程中因意外導(dǎo)致液體飛濺而造成交叉污染。同時(shí),對于使用過的吸頭丟棄區(qū)和廢液收集區(qū),應(yīng)設(shè)置在遠(yuǎn)離樣本和試劑的位置,且要有明顯標(biāo)識,確保工作站機(jī)械臂在丟棄吸頭和傾倒廢液時(shí)不會對其他實(shí)驗(yàn)操作產(chǎn)生干擾。
優(yōu)化操作空間與機(jī)械臂移動(dòng)路徑:充分考慮工作站內(nèi)部機(jī)械臂、移液器等組件的移動(dòng)空間,避免在板位布局上出現(xiàn)耗材或設(shè)備相互阻擋的情況。確保機(jī)械臂在抓取、移動(dòng)孔板以及移液器進(jìn)行移液操作時(shí),能夠順暢運(yùn)行,不受阻礙。例如,不要將體積較大的試劑瓶放置在機(jī)械臂移動(dòng)路徑上,以免發(fā)生碰撞,影響實(shí)驗(yàn)進(jìn)程。同時(shí),合理安排板位高度,使移液器在不同高度的耗材之間移液時(shí),能夠以最短的垂直行程進(jìn)行操作,減少能耗和操作時(shí)間。
通過遵循實(shí)驗(yàn)流程邏輯、依據(jù)移液器特性以及規(guī)避干擾因素等多方面優(yōu)化板位布局,Opentrons Flex NGS 工作站在處理 48 樣本時(shí)能夠顯著提升實(shí)驗(yàn)效率、保障實(shí)驗(yàn)結(jié)果的準(zhǔn)確性和可靠性,為科研工作者在 NGS 實(shí)驗(yàn)中提供有力支持。
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