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DNA 標(biāo)記

一種同時分割 DNA 并用適配序列標(biāo)記的技術(shù)，主要用于為下一代測序 (NGS) 高效制備 DNA 文庫。該過程對于 DNA 測序、靶向研究、元基因組學(xué)和染色質(zhì)分析（如 ATAC-seq）等工作流程至關(guān)重要。

哪些工作流程需要進(jìn)行 DNA 標(biāo)記？

DNA 標(biāo)記的主要目的是為下一代測序快速高效地制備 DNA 文庫。該過程簡化了文庫制備，減少了所需的時間和步驟，并能在測序過程中實現(xiàn)更均勻的覆蓋。DNA 標(biāo)記常用于各種工作流程，例如：

  1. DNA 測序，尤其是 NGS 工作流程。
  2. 對特定基因組區(qū)域感興趣的定向測序研究。
  3. 對不同生物群落進(jìn)行測序的元基因組研究。
  4. 染色質(zhì)分析研究，如 ATAC-seq（利用測序進(jìn)行轉(zhuǎn)座酶可接觸染色質(zhì)的分析）。

DNA 標(biāo)記從未如此簡單

OT-2 是一款臺面式液體工作站，設(shè)計方便靈活，可自動處理許多常見應(yīng)用。

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DNA 標(biāo)記的最佳方法

  1. Nextera DNA 文庫制備： 這種商業(yè)方法由 Illumina 開發(fā)，使用特定的轉(zhuǎn)座酶進(jìn)行標(biāo)記。
  2. ATAC-seq：這種方法將標(biāo)記與測序相結(jié)合，以評估染色質(zhì)的可及性。
  3. 定制轉(zhuǎn)座酶系統(tǒng)： 一些研究小組已針對特定應(yīng)用或生物體優(yōu)化了轉(zhuǎn)座酶酶和方案。

協(xié)議亮點

Opentrons 可幫助您使用 OT-2和 Opentrons Flex 的開源協(xié)議實現(xiàn) DNA 標(biāo)記自動化

DNA 標(biāo)記為何如此困難？

  • 酶的敏感性： 轉(zhuǎn)座酶對濃度、反應(yīng)時間和溫度等各種因素都很敏感。微小的偏差都可能導(dǎo)致標(biāo)記過度或標(biāo)記不足。
  • 優(yōu)化： 要在測序過程中實現(xiàn)均勻的片段化和均勻的覆蓋率，需要對標(biāo)記條件進(jìn)行仔細(xì)的優(yōu)化。
  • DNA 質(zhì)量： DNA 樣品的純度和完整性會影響標(biāo)記的效率和結(jié)果。

用手動移液法進(jìn)行 DNA 標(biāo)記的主要挑戰(zhàn)

  • 可重復(fù)性： 手動移液會造成酶和 DNA 濃度的變化，導(dǎo)致結(jié)果不一致。
  • 污染風(fēng)險： 手動移液會增加樣本間交叉污染的風(fēng)險。
  • 效率： 同時制備多個樣本會耗費大量人力和時間。

與手動移液相比，自動化 DNA 標(biāo)記的優(yōu)勢：

  • 一致性和可重復(fù)性： 自動化系統(tǒng)可提供一致的產(chǎn)量，減少人為錯誤。
  • 吞吐量： 自動化系統(tǒng)可同時處理多個樣本，大大縮短制備時間。
  • 降低污染風(fēng)險：減少人工干預(yù)，降低交叉污染風(fēng)險。
  • 優(yōu)化： 可對自動化系統(tǒng)進(jìn)行編程，以同時測試多個條件，從而幫助優(yōu)化標(biāo)記條件。

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