作者
雷德和金納里·沃森

摘要
Swift 2S Turbo DNA庫套件是完全自動(dòng)化的，使用中心OT-2快速，放手，高為Illumina下一代測序提供的高質(zhì)量文庫。
主要發(fā)現(xiàn)
.8個(gè)序列準(zhǔn)備的DNA文庫可以在3小時(shí)內(nèi)構(gòu)建。
.分析了326bp和330bp的目標(biāo)插入物大小人類基因組DNA。
.低PCR偏倚，說明微生物和人類文庫的PCR重復(fù)水平為分別為0.02%和0.01%。
.在OT-2運(yùn)行過程中保持高DNA覆蓋率，通過相似的reads百分比來描述對齊：微生物文庫占95.4%，人類文庫占96.4%。
.可靠和精確的性能視子熱循環(huán)器模塊與第三方熱循環(huán)器相比，通過相似的產(chǎn)率為5.1ng/μland 7.36ng/μl，CVs分別為13%和14%。

介紹
下一代測序（NGS）文庫制備是RNA或DNA片段的過程酶法測序用的使用NGS庫的準(zhǔn)備正在迅速增加，為醫(yī)療保健和生命科學(xué)的研究人員提供了各種工作流程，以實(shí)現(xiàn)更快、更容易和更高的成本分析和解釋大型基因組數(shù)據(jù)集的有效方法(1)。Swift 2S渦輪DNA文庫準(zhǔn)備

支持對各種樣品的文庫準(zhǔn)備
分子應(yīng)用。這個(gè)自動(dòng)化友好的工作流是壓縮的，但要手動(dòng)完成工作流仍然會(huì)出現(xiàn)移液錯(cuò)誤，需要幾個(gè)錯(cuò)誤嗎幾個(gè)小時(shí)完成。在這里，我們說明了Swift 2S渦輪文庫制備微生物的完全自動(dòng)化以及人類基因組DNA。復(fù)雜的庫制備可以完全自動(dòng)化的視中心OT- 2，模塊，實(shí)驗(yàn)室軟件，和歐米茄生物-tek標(biāo)記結(jié)合?純NGS珠子。

材料和方法
制備了350bp插入大小的文庫~560bp文庫使用人類基因組DNA(科里氏菌. NA12878)和Ecoli（ER2925）gDNA的GC含量分別為40和50%。每個(gè)opentronOT-2運(yùn)行包含7個(gè)重復(fù)，每個(gè)運(yùn)行包含5個(gè)或10個(gè)PCR周期，取決于啟動(dòng)輸入。使用的結(jié)扎母混合包括1：10稀釋的試劑W4以減少適配器二聚體。每個(gè)文庫都在Illumina MiSeq Nano v2 2x250試劑盒上進(jìn)行測序。視轉(zhuǎn)子熱循環(huán)器模塊和溫度模塊用于主動(dòng)冷卻主混合，索引和樣本使用Omega-Beo-tekMag-Bind?進(jìn)行基于珠子的清理純NGS珠子(2)。這些模塊共同允許這個(gè)復(fù)合工作流的完全自動(dòng)化（圖1）。
OT-2使用P300GEN2 8通道移液管和P50 GEN2單通道移液管進(jìn)行運(yùn)行E.大腸桿菌gDNA，P300GEN2 8通道移液管和P20 GEN2單通道移液管與人類gDNA一起運(yùn)行。然而，我們推薦P20
. GEN2單通道移液管每次運(yùn)行，使用3個(gè)尖端（圖1）。總運(yùn)行時(shí)間，包括動(dòng)手時(shí)間和機(jī)器人運(yùn)行時(shí)間，約為3小時(shí)（圖2）。峰值片段大小使用安捷倫2100生物分析儀fastq文件確定.

使用星系(7)中的FASTQC V0.11.9 (3)、BOWTIE2 (4)、Qualimap- BAMQC (5)和Bam覆蓋V2.4.1.0 (6)進(jìn)行分析，以確定覆蓋率、插入大小、讀取與基因組對齊、GC含量和重復(fù)百分比。BWA對齊器V1.1.4進(jìn)行進(jìn)一步分析。

結(jié)果
文庫的產(chǎn)量具有很高的可重復(fù)性和可比性
在同一運(yùn)行范圍內(nèi)的跨樣本和跨物種。Ecoli gDNA輸入100 ng，人gDNA輸入77 ng。. . Ecoli文庫的工作流程包括10個(gè)PCR循環(huán)，平均濃度為20.34ng/μl7%的變異系數(shù)（CV）。人類gDNA文庫工作流程包括5個(gè)PCR周期，平均周期為. 該文庫具有可比性，平均峰片段大小為591bp，CV為7%. 人類文庫的平均峰值片段大小為569bp，CV為4%。產(chǎn)量和峰值片段大小CV顯示了不同井和不同物種之間的一致性（圖3）。
測序指標(biāo)在不同樣本和不同物種之間也具有可比性。大腸桿菌和人類文庫的平均插入物大小分別為326和330 bp，與根據(jù)試劑規(guī)格納入直接測序的DNA目標(biāo)長度相對應(yīng)。兩個(gè)實(shí)驗(yàn)都顯示了約95%的讀取映射時(shí)與參考基因組序列對齊，高DNA回收率和大小選擇始終保留每次運(yùn)行，以非常低的PCR重復(fù)來說明（圖4）。. 在Ecoli樣本（圖S1）和人類樣本（圖S2）中的一致覆蓋顯示了相同的性能和序列表示。而且單核苷酸變異（SNV）rs6061194為這進(jìn)一步演示了性能（圖S3）。最后，對中心熱循環(huán)器模塊的性能類似于手動(dòng)第三方熱循環(huán)器(8)，在產(chǎn)量和CV上具有共性。產(chǎn)率分別為5.1ng/μland和7.36ng/μland該端到端Opentrons庫制備系統(tǒng)的精度和可靠性（表1）。

結(jié)論
Opentrons OT-2可以一次提供8個(gè)或更多的高質(zhì)量庫，至少不到3個(gè)小時(shí)，最終減少了手動(dòng)移液錯(cuò)誤的風(fēng)險(xiǎn)，并節(jié)省了用戶時(shí)間。
.可重復(fù)的和一致的測序指標(biāo)在微生物和人類文庫的產(chǎn)量、CV、插入大小、對齊、PCR重復(fù)和覆蓋方面。
.當(dāng)產(chǎn)率和CV為時(shí)，視中心熱循環(huán)器模塊的可靠和精確的性能與第三方熱循環(huán)器相比。

圖1. Swift 2S渦輪增壓工作流程和OpSwift 2STurbo DNA文庫試劑盒?協(xié)議。該布局包括P20 GEN2單通道移液管和P300GEN2 8通道移液管。模塊要求包括視中心熱循環(huán)器模塊，溫度模塊和磁性模塊。這個(gè)實(shí)驗(yàn)室器皿要求包括兩個(gè)NEST 0.1ml 96孔PCR板全裙，一個(gè)NEST深12孔儲(chǔ)液器，三個(gè)NEST 2ml螺帽管和中心24孔鋁塊。