冠狀病毒大流行為生命科學(xué)研究人員提供了前所未有的機會。以下 9 種資源可幫助您最大限度地利用這些機會。
冠狀病毒大流行改變了生命科學(xué)的格局，消耗了近期的大部分研究機會。但它也為研究人員提供了前所未有的合作、創(chuàng)新和創(chuàng)造新知識的機會。

前所未有的機會帶來了前所未有的資源——其中許多資源都是免費使用的。從 Slack 頻道到 SOP，這里有 9 種工具可以幫助任何希望建立測試實驗室、優(yōu)化工作流程或以其他方式參與這個全球科學(xué)項目的研究人員。

全球 Slack 頻道

來自全球各地的 13,000 多名研究人員參加了此次討論，這是全球關(guān)于擴大 COVID-19 測試規(guī)模的最大討論。它充滿了協(xié)作討論，涉及從排除 RNA 提取工作流程故障和確定供應(yīng)商到克服樣品和供應(yīng)鏈物流以及向 FDA 申請緊急使用授權(quán)等所有方面。您也可以加入對話；只需單擊上面的鏈接并發(fā)送電子郵件至 covid-19@opentrons.com 即可獲得 24 小時邀請。

彈出式檢測實驗室藍圖

創(chuàng)新基因組學(xué)研究所 (IGI) 提供了有關(guān)如何建立 CLIA 認證的 SARS-CoV-2 檢測實驗室的詳盡指南。IGI 是加州大學(xué)伯克利分校和加州大學(xué)舊金山分校的研究人員團隊，他們組建了一支多元化、跨學(xué)科的團隊，晝夜不停地工作了 3 周，以擴大灣區(qū)的冠狀病毒檢測規(guī)模。他們的指南包括從特定自動化工作流程和協(xié)議到人員培訓(xùn)和合規(guī)指南等各方面的提示。

學(xué)術(shù)合作診斷實驗室的標準操作程序 (SOP)

克里克 COVID19 聯(lián)盟提供了有關(guān)他們?nèi)绾卧趯W(xué)術(shù)環(huán)境中與外部合作伙伴一起創(chuàng)建診斷實驗室的分步指南。克里克 COVID19 聯(lián)盟與倫敦大學(xué)學(xué)院醫(yī)院、衛(wèi)生服務(wù)實驗室 (HSL)、癌癥研究所和弗朗西斯克里克研究所合作，在短短兩周多的時間內(nèi)創(chuàng)建了這一測試設(shè)置。他們的可下載指南涵蓋了從實驗室安全信息和 2 類樣品滅活指南到 RNA 提取方案和制作自制緩沖液的所有內(nèi)容。

臨床研究測序測試平臺

Broad Institute 開放了有關(guān)其針對 SARS-CoV-2 的臨床研究測序平臺 (CRSP) 的訪問權(quán)限。Broad Institute 是麻省理工學(xué)院 (MIT) 和哈佛大學(xué)研究人員之間的合作，它使用他們的平臺運行實時逆轉(zhuǎn)錄酶 (RT)-PCR 診斷檢測。對于任何尋找測試設(shè)施的研究人員，Broad Institute 都開放了他們的設(shè)施。他們的說明包括標本收集和運輸指南，以及針對患者和提供者的診斷測試和檢測情況說明書的常見問題解答。

基因組工程工具

Synthego 為基因組學(xué)研究人員提供了一系列工具，以提高開發(fā) COVID-19 診斷和治療的速度和有效性。這些工具包括用于 RNA 收集的定制 Cas13 指南和針對與 SARS-CoV-2 蛋白相互作用的 330 個人類基因的多陣列 CRISPR sgRNA 基因敲除文庫。他們的網(wǎng)站上有所有這些工具的鏈接，以及他們用于創(chuàng)建這些工具的已發(fā)布測試數(shù)據(jù)。

SwabSeq 測試概念驗證

Octant 的 SwabSeq NGS 診斷工作流程概念驗證。 Octant 是一家生物技術(shù)公司，使用專有技術(shù)結(jié)合合成生物學(xué)、基因組工程、下一代測序和計算工具，創(chuàng)建了一種協(xié)議來擴大基于 COVID19 序列的測試，該協(xié)議簡??單、便宜且靈敏。 它被稱為 SwabSeq，他們的實驗室筆記文檔包括從協(xié)議和測試代碼到數(shù)據(jù)圖表和內(nèi)部筆記本的所有內(nèi)容。

大規(guī)模并行診斷測定概念驗證

賓夕法尼亞州立大學(xué)合成生物學(xué)研究員 Howard Salis 的大規(guī)模并行 NGS 診斷測定概念驗證。 Salis 發(fā)表了一份預(yù)印本，詳細介紹了大規(guī)模并行診斷測定 (MPDA) 如何利用下一代測序在一次測定中同時進行數(shù)千次病毒 RNA 測量，并在每個工作流程中處理多達 19,200 個患者樣本。他的預(yù)印本詳細介紹了他的工作流程，結(jié)合了病毒 RNA 提取、使用具有獨特條形碼的患者特異性引物的逆轉(zhuǎn)錄酶 (RT) 以及單池聚合酶鏈反應(yīng) (PCR)，然后進行下一代測序 (NGS)。

移動測試實驗室

OpenCell 的大量藍圖、協(xié)議和其他資源。OpenCell 是一家為生物技術(shù)初創(chuàng)公司提供移動、經(jīng)濟實惠的集裝箱實驗室空間的公司，在英國測試領(lǐng)域處于領(lǐng)先地位，正在迅速擴展高通量測試