作者
雷德和金納里·沃森

摘要
Swift 2S Turbo DNA庫套件是完全自動化的，使用中心OT-2快速，放手，高為Illumina下一代測序提供的高質(zhì)量文庫。
主要發(fā)現(xiàn)
.8個序列準備的DNA文庫可以在3小時內(nèi)構建。
.分析了326bp和330bp的目標插入物大小人類基因組DNA。
.低PCR偏倚，說明微生物和人類文庫的PCR重復水平為分別為0.02%和0.01%。
.在OT-2運行過程中保持高DNA覆蓋率，通過相似的reads百分比來描述對齊：微生物文庫占95.4%，人類文庫占96.4%。
.可靠和精確的性能視子熱循環(huán)器模塊與第三方熱循環(huán)器相比，通過相似的產(chǎn)率為5.1ng/μland 7.36ng/μl，CVs分別為13%和14%。

介紹
下一代測序（NGS）文庫制備是RNA或DNA片段的過程酶法測序用的使用NGS庫的準備正在迅速增加，為醫(yī)療保健和生命科學的研究人員提供了各種工作流程，以實現(xiàn)更快、更容易和更高的成本分析和解釋大型基因組數(shù)據(jù)集的有效方法(1)。Swift 2S渦輪DNA文庫準備

支持對各種樣品的文庫準備
分子應用。這個自動化友好的工作流是壓縮的，但要手動完成工作流仍然會出現(xiàn)移液錯誤，需要幾個錯誤嗎幾個小時完成。在這里，我們說明了Swift 2S渦輪文庫制備微生物的完全自動化以及人類基因組DNA。復雜的庫制備可以完全自動化的視中心OT- 2，模塊，實驗室軟件，和歐米茄生物-tek標記結合?純NGS珠子。

材料和方法
制備了350bp插入大小的文庫~560bp文庫使用人類基因組DNA(科里氏菌. NA12878)和Ecoli（ER2925）gDNA的GC含量分別為40和50%。每個opentronOT-2運行包含7個重復，每個運行包含5個或10個PCR周期，取決于啟動輸入。使用的結扎母混合包括1：10稀釋的試劑W4以減少適配器二聚體。每個文庫都在Illumina MiSeq Nano v2 2x250試劑盒上進行測序。視轉子熱循環(huán)器模塊和溫度模塊用于主動冷卻主混合，索引和樣本使用Omega-Beo-tekMag-Bind?進行基于珠子的清理純NGS珠子(2)。這些模塊共同允許這個復合工作流的完全自動化（圖1）。
OT-2使用P300GEN2 8通道移液管和P50 GEN2單通道移液管進行運行E.大腸桿菌gDNA，P300GEN2 8通道移液管和P20 GEN2單通道移液管與人類gDNA一起運行。然而，我們推薦P20
. GEN2單通道移液管每次運行，使用3個尖端（圖1）?？傔\行時間，包括動手時間和機器人運行時間，約為3小時（圖2）。峰值片段大小使用安捷倫2100生物分析儀fastq文件確定.

使用星系(7)中的FASTQC V0.11.9 (3)、BOWTIE2 (4)、Qualimap- BAMQC (5)和Bam覆蓋V2.4.1.0 (6)進行分析，以確定覆蓋率、插入大小、讀取與基因組對齊、GC含量和重復百分比。BWA對齊器V1.1.4進行進一步分析。

結果
文庫的產(chǎn)量具有很高的可重復性和可比性
在同一運行范圍內(nèi)的跨樣本和跨物種。Ecoli gDNA輸入100 ng，人gDNA輸入77 ng。. . Ecoli文庫的工作流程包括10個PCR循環(huán)，平均濃度為20.34ng/μl7%的變異系數(shù)（CV）。人類gDNA文庫工作流程包括5個PCR周期，平均周期為. 該文庫具有可比性，平均峰片段大小為591bp，CV為7%. 人類文庫的平均峰值片段大小為569bp，CV為4%。產(chǎn)量和峰值片段大小CV顯示了不同井和不同物種之間的一致性（圖3）。
測序指標在不同樣本和不同物種之間也具有可比性。大腸桿菌和人類文庫的平均插入物大小分別為326和330 bp，與根據(jù)試劑規(guī)格納入直接測序的DNA目標長度相對應。兩個實驗都顯示了約95%的讀取映射時與參考基因組序列對齊，高DNA回收率和大小選擇始終保留每次運行，以非常低的PCR重復來說明（圖4）。. 在Ecoli樣本（圖S1）和人類樣本（圖S2）中的一致覆蓋顯示了相同的性能和序列表示。而且單核苷酸變異（SNV）rs6061194為這進一步演示了性能（圖S3）。最后，對中心熱循環(huán)器模塊的性能類似于手動第三方熱循環(huán)器(8)，在產(chǎn)量和CV上具有共性。產(chǎn)率分別為5.1ng/μland和7.36ng/μland該端到端Opentrons庫制備系統(tǒng)的精度和可靠性（表1）。

結論
Opentrons OT-2可以一次提供8個或更多的高質(zhì)量庫，至少不到3個小時，最終減少了手動移液錯誤的風險，并節(jié)省了用戶時間。
.可重復的和一致的測序指標在微生物和人類文庫的產(chǎn)量、CV、插入大小、對齊、PCR重復和覆蓋方面。
.當產(chǎn)率和CV為時，視中心熱循環(huán)器模塊的可靠和精確的性能與第三方熱循環(huán)器相比。

圖1. Swift 2S渦輪增壓工作流程和OpSwift 2STurbo DNA文庫試劑盒?協(xié)議。該布局包括P20 GEN2單通道移液管和P300GEN2 8通道移液管。模塊要求包括視中心熱循環(huán)器模塊，溫度模塊和磁性模塊。這個實驗室器皿要求包括兩個NEST 0.1ml 96孔PCR板全裙，一個NEST深12孔儲液器，三個NEST 2ml螺帽管和中心24孔鋁塊。