摘要
Swift2S?Turbo DNA文庫試劑盒與OT-2一起自動化，用于快速和穩(wěn)健的制備用于下一代測序的高質(zhì)量文庫。
.用100和1 ng輸入的庫由不同氣相色譜含量的細(xì)菌混合物制備，包括：金黃色葡萄球菌、大腸桿菌和鏈霉菌阿維菌。
.手工制備的庫和openteronOT-2的性能相當(dāng)在規(guī)模和產(chǎn)量方面。類似的測序還觀察了復(fù)雜性、覆蓋率和相對表示等指標(biāo)。

介紹
下一代測序（NGS）文庫的制備需要多個步驟來進(jìn)行片段化、拋光、腺苷化，連接和PCR，需要2到5個主混合添加，孵育，和SPRI清理。實(shí)驗(yàn)室自動化可以減少技術(shù)的實(shí)際操作時(shí)間，同時(shí)由于人為錯誤和污染而增加實(shí)驗(yàn)的可靠性。opt-2是一個負(fù)擔(dān)得起的液體處理平臺，從5000美元，使復(fù)雜圖書館準(zhǔn)備的自動化。自動化的實(shí)現(xiàn)和實(shí)現(xiàn)使用Swift2S?Turbo DNA文庫試劑盒(1)的強(qiáng)大流體確保了下一代測序的快速和一致的性能。兩到三個小時(shí)的渦輪增壓機(jī)
協(xié)議允許不同的輸入量的DNA (1到. 250 ng)，卷和樣本類型已演示。
這里有一個模擬細(xì)菌群落，Swift2S?帶有OT-2的渦輪DNA文庫試劑盒是一種快速和理想的文庫制備解決方案，可用于全基因組測序、靶向外顯子組、基因分型和宏基因組學(xué)等應(yīng)用。

方法和材料
用三種GC含量不同的細(xì)菌，即金黃色葡萄球菌（ATCC 25923D-5）、大腸桿菌（ATCC 700926）的基因組DNA制備了文庫和鏈霉菌（ATCC 31267），以相同摩爾濃度的DNA混合。文庫由經(jīng)驗(yàn)豐富的Swift開發(fā)人員手工制備，有6或8個DNA技術(shù)復(fù)制，每個文庫準(zhǔn)備輸入100 ng和1 ng。8個技術(shù)復(fù)制。
這兩種輸入也在視中心上準(zhǔn)備了OT-2.在OT-2上制備的100 ng輸入樣品中使用的碎片主混合包括RegentDE以減緩破碎反應(yīng)(2)。每次反應(yīng)加入5 ul試劑DE，不加入試劑K2，片段時(shí)間增加到15min，共制備350bp. 插入大小。采用PCR方法將各項(xiàng)指標(biāo)與100 ng和1 ng分別進(jìn)行5和11個循環(huán)8. 隨機(jī)選擇文庫進(jìn)行測序，包括從OT-2上的輸入和用手地所有測序均在Illumina MiSeq標(biāo)準(zhǔn)V2 PEx150上進(jìn)行。對轉(zhuǎn)子溫度和磁性模塊用于主動冷卻酶和磁珠清理協(xié)議上的OT-2。對于可比性分析，讀取被標(biāo)準(zhǔn)化為每個樣本的190萬次讀取。

Swift2S?Turbo DNA文庫試劑盒（左圖）。所有這些實(shí)驗(yàn)都使用了酶主動冷卻所需的視子溫度模塊和珠狀清理所需的磁性模塊。熱循環(huán)器模塊可以添加到OT-2甲板上，以實(shí)現(xiàn)完全自動化。Swift2S?Turbo協(xié)議包括輸入DNA的酶促剪切、適配器連接、索引或可選的PCR。在結(jié)扎和PCR步驟后使用SPRI清理。

結(jié)果
隨著自動化的時(shí)間節(jié)省，Swift2S?在OT-2上準(zhǔn)備的Turbo庫是穩(wěn)健的和可與手動生成的庫相比較。為了說明Swift2S?Turbo的無偏性能OT-2，文庫的輸入量為100 ng和使用三種GC含量（33 -71%）的菌株的細(xì)菌混合物。圖書館是由雙方準(zhǔn)備的一個經(jīng)驗(yàn)豐富的Swift2S?渦輪增壓器開發(fā)者和在Opentrons OT-2.試劑DE，用于減緩酶促反應(yīng)在房間中持續(xù)較長時(shí)間時(shí)的碎片化在自動液體處理過程中的溫度(2)，為已添加到碎片化主混合程序中。因此，與文庫大小相當(dāng)，產(chǎn)量為85 %與手動準(zhǔn)備的庫相比，OT-2版本(圖2).在OT-2上制備的8個技術(shù)重復(fù)中，文庫產(chǎn)量的CV為14%。

測序指標(biāo)也具有可比性
手動進(jìn)行準(zhǔn)備，并在OT-2上進(jìn)行準(zhǔn)備。例如，9%3的reads映射到參考基因組在細(xì)菌混合物中，表明在OT-2上制備的文庫沒有污染或減少不忠性（圖3）。重復(fù)項(xiàng)的可比百分比在人工和自動制備中觀察到的結(jié)果表明，DNA在整個SPRI過程中都被保留了下來在OT-2上執(zhí)行的清理操作（圖3）。自動化和手動庫準(zhǔn)備人員之間的一致覆蓋范圍和相對豐度進(jìn)一步顯示了具有可比性的性能和序列表示（圖4）。

圖3.手動編制的可比較的排序指標(biāo)庫。手工準(zhǔn)備的庫用黃色表示，在opentronOT-2上準(zhǔn)備的庫用藍(lán)色表示。左邊和右邊的面板顯示了與參考基因組對齊的類似的讀取量和重復(fù)的百分比。這些指標(biāo)表明沒有污染或輸入DNA的丟失會影響文庫的復(fù)雜性。

圖4。手工制備的庫和opentronOT-2上的庫的相對豐度和覆蓋率相當(dāng)。文庫被歸一化，以具有相同數(shù)量的測序reads（190萬reads）用于比較分析。

結(jié)論
自動的庫準(zhǔn)備降低了潛力對于人為錯誤，減少了動手時(shí)間和試劑，而不犧牲圖書館準(zhǔn)備的質(zhì)量。這個在OT-2平臺上自動化的Swift2S?Turbo協(xié)議使8個或更多庫的健壯準(zhǔn)備工作得以實(shí)現(xiàn)2~3小時(shí)，在技術(shù)重復(fù)之間的產(chǎn)量變化最小。
.試劑DE (2)用于在室溫下進(jìn)行自動設(shè)置，以減緩破碎速度。
.使用Opentrons OT-2制備的文庫具有可比性和可重復(fù)性（CV=14%）。
.對手工制備的文庫和在OT- 2上制備的文庫也觀察到類似的測序指標(biāo)，具有相當(dāng)?shù)膹?fù)雜性、偏倚和覆蓋率。