1月份的增長(zhǎng)率遠(yuǎn)低于一些專(zhuān)家建議的10%。 現(xiàn)在，官員們的目標(biāo)是實(shí)施更強(qiáng)有力的計(jì)劃。

最近幾周，紐約市平均每天新增 5,000 多例新冠病毒病例。 圖片來(lái)源：James Estrin/The New York Times

在紐約市，盡管有許多大型醫(yī)院和研究機(jī)構(gòu)，但上個(gè)月平均每天只有約 55 例冠狀病毒病例得到測(cè)序和篩查更具傳染性的變種。

這僅占該市新增病例的 1%，這一比率遠(yuǎn)低于一些專(zhuān)家所說(shuō)的 10%，因?yàn)樵诔??現(xiàn)更具傳染性的變種（包括一些可能削弱現(xiàn)有病毒變種的情況）的情況下，需要了解紐約的流行病動(dòng)態(tài)。疫苗導(dǎo)致英國(guó)、巴西和南非病例激增。

博士表示，到 2 月底，紐約市衛(wèi)生官員希望制定更強(qiáng)有力的監(jiān)測(cè)計(jì)劃，其中包括對(duì)約 10% 的新病毒病例進(jìn)行基因組測(cè)序，即檢查遺傳物質(zhì)是否存在突變。杰·瓦爾瑪 (Jay Varma)，市政廳高級(jí)公共衛(wèi)生顧問(wèn)。

Varma 博士說(shuō)，最近幾周平均每天新增病例超過(guò) 5,000 例，這可以很好地了解紐約存在哪些變種以及它們的擴(kuò)散范圍。

但為達(dá)到這一基準(zhǔn)所做的努力突顯出，在疫情爆發(fā)一年后，地方、州和聯(lián)邦官員在調(diào)動(dòng)資源滿(mǎn)足公共衛(wèi)生需求方面往往進(jìn)展緩慢。

“試圖讓主要專(zhuān)注于人類(lèi)基因組測(cè)序等專(zhuān)門(mén)針對(duì)癌癥或其他疾病的實(shí)驗(yàn)室將興趣轉(zhuǎn)向病原體研究有時(shí)需要付出努力，”他說(shuō)。

對(duì)盡可能多的病毒樣本進(jìn)行基因組測(cè)序的能力已經(jīng)存在，分布在城市各處，盡管它在很大程度上尚未得到開(kāi)發(fā)。

紐約大學(xué)格羅斯曼醫(yī)學(xué)院的阿德里安娜·赫吉教授說(shuō)：“每個(gè)機(jī)構(gòu)都在做自己的事情。”他的團(tuán)隊(duì)每周對(duì)大約 96 個(gè)樣本進(jìn)行測(cè)序，去年的研究幫助確定紐約的疫情是通過(guò)歐洲而不是中國(guó)傳播的。

據(jù)報(bào)道，在過(guò)去的幾周里，市政廳助手一直要求全市的一些研究科學(xué)家和實(shí)驗(yàn)室主任承諾對(duì)比迄今為止更多的冠狀病毒樣本進(jìn)行測(cè)序，并將結(jié)果上傳到在線數(shù)據(jù)庫(kù)。去采訪。周一，單個(gè)實(shí)驗(yàn)室對(duì) 90 多個(gè)病例進(jìn)行了測(cè)序，數(shù)量顯著增加。

“如果沒(méi)有總體架構(gòu)，科學(xué)界就無(wú)法真正組織起來(lái)，”赫吉教授說(shuō)。 “這座城市現(xiàn)在確實(shí)正在努力組織這次活動(dòng)，這是正確的做法?！?/p>

直到最近，人們還預(yù)計(jì)隨著疫苗接種的進(jìn)行，冠狀病毒病例將會(huì)減少。但公共衛(wèi)生專(zhuān)家和紐約大學(xué)的一個(gè)建模團(tuán)隊(duì)表示，如果其中一種傳染性更強(qiáng)的變種開(kāi)始在紐約市廣泛傳播，可能會(huì)引發(fā)新一波病例，從而掩蓋紐約仍在抗擊的第二波病例。

目前尚不清楚紐約正走在哪條軌道上，或者正在走向哪條軌道，這很大程度上是因?yàn)槿狈蚪M監(jiān)測(cè)。新變種可能開(kāi)始在紐約站穩(wěn)腳跟，也可能不會(huì)：發(fā)現(xiàn)這一點(diǎn)只需要對(duì)足夠多的新病毒病例進(jìn)行定期測(cè)序即可。

根據(jù)紐約市衛(wèi)生部門(mén)提供的數(shù)據(jù)，其中一個(gè)變種首先在英國(guó)發(fā)現(xiàn)，被稱(chēng)為 B.1.1.7，1 月份在紐約市的 13 例病例中檢測(cè)到。據(jù)該部門(mén)稱(chēng)，這些樣本是從該市 1,703 個(gè)樣本中鑒定出來(lái)的，這些樣本已于 1 月份進(jìn)行了測(cè)序。

應(yīng)該對(duì)多少百分比的病毒病例進(jìn)行測(cè)序仍是一個(gè)有爭(zhēng)議的問(wèn)題。英國(guó)目前正在對(duì)高達(dá) 10% 的新病例進(jìn)行測(cè)序，而幾周前美國(guó)的這一比例遠(yuǎn)低于 1%。

“我認(rèn)為，我們應(yīng)該做到 10% 到 15%，”Heguy 教授說(shuō)。

Varma 博士表示，該市 10% 的目標(biāo)來(lái)自于英國(guó)在快速識(shí)別該變種并追蹤其傳播方面的成功。

憑借其主要的學(xué)術(shù)醫(yī)療中心和研究機(jī)構(gòu)，紐約的測(cè)序機(jī)器數(shù)量遠(yuǎn)遠(yuǎn)多于檢查每個(gè)陽(yáng)性病例的冠狀病毒基因組所需的數(shù)量（如果有人愿意這樣做的話(huà)）。

“我們的機(jī)器可以處理數(shù)千或數(shù)十萬(wàn)個(gè)數(shù)據(jù)，”曼哈頓下城紐約基因組中心實(shí)驗(yàn)室的科學(xué)家內(nèi)維爾·桑賈納博士說(shuō)。 “所以容量并不是問(wèn)題。”

奇怪的是，在一場(chǎng)可能感染了超過(guò)四分之一紐約人的大流行中，研究實(shí)驗(yàn)室面臨的問(wèn)題是獲取樣本。在紐約，沒(méi)有大量的陽(yáng)性病毒樣本從醫(yī)院或檢測(cè)點(diǎn)輸送到研究實(shí)驗(yàn)室來(lái)進(jìn)行基因監(jiān)測(cè)。

桑賈納博士說(shuō)：“這實(shí)際上只是組織樣本收集，我認(rèn)為這就是所缺少的。”他的研究涉及尋找哪些藥物可以通過(guò)抑制冠狀病毒劫持的人類(lèi)基因來(lái)阻止感染。

科學(xué)家在采訪中表示，城市或其他實(shí)體所需要的是從根本上將當(dāng)前的冠狀病毒檢測(cè)過(guò)程分開(kāi)。每天，數(shù)以萬(wàn)計(jì)的紐約人提供拭子樣本，這些樣本通常會(huì)被送往幾個(gè)大型實(shí)驗(yàn)室進(jìn)行檢測(cè)。如果這些實(shí)驗(yàn)室可以留出一部分樣本，那么如果結(jié)果呈陽(yáng)性，這些部分稍后可以用于基因組測(cè)序。

“這是可以解決的，但需要資源和人員協(xié)調(diào)，”赫吉教授說(shuō)道，她列出了必要的步驟： 需要保留一部分原始樣本；需要從中分離出RNA；有人需要將 RNA 樣本運(yùn)送到進(jìn)行基因組測(cè)序的實(shí)驗(yàn)室。

該市將測(cè)序范圍擴(kuò)大至少十倍的目標(biāo)將需要招募一系列大大小小的外部實(shí)驗(yàn)室和研究項(xiàng)目。該市預(yù)計(jì)，最大部分的基因組測(cè)序?qū)⒃诨屎髤^(qū)長(zhǎng)島市的一個(gè)實(shí)驗(yàn)室進(jìn)行，該實(shí)驗(yàn)室由一家小型機(jī)器人公司運(yùn)營(yíng)。

Opentrons 公司還在曼哈頓運(yùn)營(yíng)著一個(gè)名為流行病應(yīng)對(duì)實(shí)驗(yàn)室的設(shè)施。該實(shí)驗(yàn)室于去年建成，旨在幫助該市解決夏季出現(xiàn)的檢測(cè)危機(jī)，當(dāng)時(shí)大型商業(yè)實(shí)驗(yàn)室正在努力應(yīng)對(duì)激增的病例量。人們不得不等待幾天，有時(shí)甚至一兩周才能得到冠狀病毒檢測(cè)結(jié)果。該實(shí)驗(yàn)室現(xiàn)在每天測(cè)試 20,000 個(gè)樣本。

Opentrons 聯(lián)合創(chuàng)始人威爾·卡尼恩 (Will Canine) 表示，快遞員會(huì)定期將流行病應(yīng)對(duì)實(shí)驗(yàn)室制備的 RNA 樣本運(yùn)送到該公司位于皇后區(qū)的工廠，在那里對(duì)樣本進(jìn)行測(cè)序。

公司官員表示，該實(shí)驗(yàn)室的目標(biāo)是在 2 月中旬之前每周對(duì)多達(dá) 2,000 個(gè)陽(yáng)性樣本進(jìn)行測(cè)序，每個(gè)測(cè)序樣本的費(fèi)用將低于該市 75 美元。

此外，該市還鼓勵(lì)一系列其他機(jī)構(gòu)，包括一些醫(yī)院、醫(yī)學(xué)院和研究機(jī)構(gòu)，對(duì)更多樣本進(jìn)行測(cè)序。

很少有地方能像紐約基因組中心那樣擁有如此大的容量，該中心經(jīng)常使用數(shù)十臺(tái)機(jī)器進(jìn)行研究項(xiàng)目，這些項(xiàng)目可能涉及對(duì)許多人的基因組進(jìn)行測(cè)序，以尋找某種疾病背后的特定基因。

鑒于人類(lèi)基因組長(zhǎng)約 100,000 倍，對(duì)冠狀病毒基因組進(jìn)行測(cè)序是一項(xiàng)小得多的任務(wù)。

基因組中心的一位科學(xué)家邁克爾·佐迪表示，該中心正在努力克服障礙，例如獲取樣本以及如何為測(cè)序機(jī)快速準(zhǔn)備大量樣本。

“目前，我們?nèi)栽诜e極嘗試擴(kuò)大規(guī)模，”他說(shuō)。

該市監(jiān)控工作的第一個(gè)也是最令人驚訝的新增內(nèi)容之一是洛克菲勒大學(xué)去年開(kāi)設(shè)的日托中心，以使科學(xué)家能夠重返工作崗位。

該大學(xué)是曼哈頓上東區(qū)的一所生物醫(yī)學(xué)研究機(jī)構(gòu)，其教職人員中有五位諾貝爾獎(jiǎng)獲得者，一個(gè)世紀(jì)前就深入?yún)⑴c了 1918 年流感大流行的應(yīng)對(duì)工作。因此，日托中心在科學(xué)研究中發(fā)揮作用也許并不令人意外。

那里的科學(xué)家一直在研究一種高靈敏度唾液測(cè)試，這使得對(duì)經(jīng)常拒絕鼻拭子的嬰兒和幼兒進(jìn)行測(cè)試變得更加容易。最近，該大學(xué)已開(kāi)始對(duì)陽(yáng)性冠狀病毒病例進(jìn)行測(cè)序，看看孩子是否可能感染了一種傳染性更強(qiáng)的變種。

在某種程度上，每天送來(lái)的嬰兒和幼兒已經(jīng)成為整個(gè)城市的哨兵。

“我們剛剛開(kāi)始這樣做，”洛克菲勒大學(xué)的羅伯特·達(dá)內(nèi)爾博士上周表示。 “到目前為止，我們已經(jīng)對(duì)大約 15 個(gè)進(jìn)行了測(cè)序?！?/p>

約瑟夫·戈德斯坦 (Joseph Goldstein) 負(fù)責(zé)紐約的醫(yī)療保健業(yè)務(wù)，此前他在地鐵服務(wù)臺(tái)從事了多年的刑事司法和警方報(bào)告。 他還花了一年時(shí)間在《泰晤士報(bào)》喀布爾分社報(bào)道阿富汗問(wèn)題。