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Sanger測序,又稱為雙脫氧鏈末端合成終止法,它基于DNA復(fù)制的自然過程,通過巧妙地引入鏈終止劑,使得DNA鏈在合成過程中隨機終止,從而生成一系列長度不同的DNA片段。這些片段經(jīng)過電泳分離后,形成特定的條帶模式,科學(xué)家們正是通過這些條帶的位置和順序,解讀出DNA的精確序列。
一、原理
Sanger測序的基本原理基于DNA聚合酶在DNA模板上合成一條新的DNA鏈的過程。在這個過程中,通過加入特殊設(shè)計的二進制脫氧核苷酸三磷酸酯(ddNTPs),當(dāng)新鏈中遇到這種特殊的核苷酸時,DNA聚合酶會停止合成。由于ddNTPs在5'和3'位置都不含羥基,無法與下一個核苷酸形成磷酸二酯鍵,從而終止DNA鏈的延伸。通過測定這些停止的位置,就可以確定DNA序列。
二、步驟
1、DNA模板準(zhǔn)備:將待測序列的DNA分離成單鏈,并在單鏈的3'端加入一小段已知序列的引物,使其與單鏈DNA互相連接。
2、反應(yīng)體系設(shè)置:將DNA聚合酶、四種脫氧核苷酸(dNTPs:dATP、dGTP、dCTP、dTTP)以及低濃度的ddNTPs加入反應(yīng)體系。ddNTPs作為鏈終止劑,每種ddNTPs分別對應(yīng)A、G、C和T的終止。
3、鏈延伸與終止:在引物的引導(dǎo)下,DNA聚合酶以堿基配對的方式添加dNTPs進行鏈延伸。當(dāng)遇到ddNTPs時,鏈延伸停止,形成一系列長度不同的DNA片段。
4、電泳分離:通過電泳將反應(yīng)產(chǎn)物分離,不同長度的DNA片段按大小順序排列。
5、熒光檢測:將電泳分離的DNA片段放入自動測序儀中,儀器根據(jù)DNA片段長度的不同記錄下每個ddNTP產(chǎn)生的熒光信號。
6、序列重建:根據(jù)熒光信號的峰值和順序,利用計算機軟件重新構(gòu)建原始的DNA序列。
三、特點
1、讀長較長:Sanger測序的讀長通常在800~1000bp之間,相較于其他測序方法,能夠一次性讀取較長的DNA序列。
2、準(zhǔn)確率高:由于Sanger測序基于DNA聚合酶的合成過程,具有較高的堿基讀取準(zhǔn)確率。
3、結(jié)果直觀:測序結(jié)果可以直接通過電泳圖譜和熒光信號進行解讀,直觀易懂。
四、應(yīng)用
Sanger測序在人類基因組計劃中發(fā)揮了關(guān)鍵作用,并且至今仍被廣泛用于獲取高度準(zhǔn)確且可信賴的測序數(shù)據(jù)。其應(yīng)用領(lǐng)域包括但不限于:
1、基因研究:用于確定基因的精確序列,研究基因的結(jié)構(gòu)和功能。
2、疾病診斷:通過測序特定基因的序列,可以診斷某些遺傳性疾病。
3、藥物研發(fā):了解藥物靶點的序列信息,有助于藥物的設(shè)計和研發(fā)。
4、法醫(yī)學(xué):在DNA指紋分析、親子鑒定等領(lǐng)域具有廣泛應(yīng)用。
五、局限性
盡管Sanger測序具有諸多優(yōu)點,但也存在一些局限性:
1、通量低:一次只能測序一個或少量DNA片段,對于大規(guī)模測序項目來說,效率較低。
2、耗時長:測序過程需要較長時間,包括DNA提取、文庫構(gòu)建、測序和數(shù)據(jù)分析等步驟。
3、成本高:由于測序過程和所需試劑的復(fù)雜性,Sanger測序的成本相對較高。
Sanger測序作為一種經(jīng)典的DNA測序方法,在基因研究、疾病診斷、藥物研發(fā)和法醫(yī)學(xué)等領(lǐng)域具有廣泛應(yīng)用。然而,隨著高通量測序技術(shù)的發(fā)展,Sanger測序在某些方面已經(jīng)逐漸被取代。
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