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如何用 Opentrons 系統(tǒng)實現(xiàn)核酸提取自動化?

核酸提取是生命科學(xué)實驗的基礎(chǔ)步驟,廣泛應(yīng)用于分子生物學(xué)研究、基因檢測、疾病診斷、NGS 建庫、轉(zhuǎn)錄組分析等領(lǐng)域。傳統(tǒng)核酸提取流程涉及大量重復(fù)、精細(xì)的移液操作,包括裂解、結(jié)合、洗滌和洗脫等多個步驟,每一步都對操作的準(zhǔn)確性和一致性要求極高。一旦出現(xiàn)微小誤差,便可能導(dǎo)致下游實驗失敗。為了提升提取效率并保障數(shù)據(jù)質(zhì)量,越來越多實驗室開始采用自動移液器,尤其是如 Opentrons 這樣高性價比、可定制、開源靈活的平臺,用以實現(xiàn)核酸提取的全過程自動化。

移液工作站

一、核酸提取流程為何適合自動化?
核酸提取流程由多個機(jī)械性強(qiáng)、重復(fù)性高的步驟構(gòu)成,每一步對時間、移液量、反應(yīng)條件等都有明確要求。傳統(tǒng)人工操作耗時耗力,不僅效率低,還存在樣本混淆、交叉污染、提取量不均、操作手法不一致等常見問題。尤其在面對幾十到幾百個樣本的高通量場景中,純手動提取不僅操作成本高,且極易導(dǎo)致實驗失敗率上升。
引入自動移液器,可以通過編程方式高精度完成移液操作,同時保障多通道樣本同步處理,實現(xiàn)流程標(biāo)準(zhǔn)化,顯著提高實驗重復(fù)性和數(shù)據(jù)一致性。而像 Opentrons 這樣支持模塊拓展和腳本定制的平臺,更是將核酸提取的“自動化自由度”提升到新的高度。

二、Opentrons 自動移液系統(tǒng)在核酸提取中的優(yōu)勢
精準(zhǔn)控制液體處理流程
Opentrons 自動移液器通過程序化操作,對吸液、分液、吹打、混勻、暫停等關(guān)鍵動作進(jìn)行細(xì)致調(diào)控,使得樣本在每個處理階段保持高度一致,避免因吸液不準(zhǔn)或加樣不勻?qū)е碌奶崛⌒氏陆怠?br>支持磁珠法與硅膠柱法雙模式提取
Opentrons 系統(tǒng)可搭配磁力模塊(Magnetic Module)或加熱模塊(Temperature Module),支持主流核酸提取方法中的磁珠吸附與熱裂解步驟,滿足科研和診斷場景下的 DNA、RNA 提取需求。系統(tǒng)在多個知名實驗室中已被驗證可用于病毒核酸提取、NGS 建庫前處理、單細(xì)胞RNA處理等流程。
多樣本并行,效率倍增
搭載 96 孔板或深孔板后,Opentrons 的多通道移液器可實現(xiàn)一次性處理多個樣本,配合磁珠清洗與洗脫操作,整個流程在無需人為干預(yù)的條件下自動完成,大幅提高了樣本通量。相比人工提取,效率提升可達(dá) 3~5 倍。
可視化編程+Python腳本雙支持
Opentrons 提供圖形化 Protocol Designer,便于無編程經(jīng)驗者拖拽設(shè)定提取流程。同時也支持 Python 腳本深度定制,滿足高級用戶對流程邏輯、時間控制、液體路徑等全流程的精細(xì)化編程。
成本可控,平臺開放
Opentrons 平臺不僅購置成本較低,且支持使用通用耗材如標(biāo)準(zhǔn)槍頭、磁珠提取試劑盒、96孔板等,無需專用耗材綁定,極大降低運(yùn)營成本并提升耗材靈活性。

    三、如何使用 Opentrons 實現(xiàn)核酸提取自動化?
    第一步:設(shè)定提取方案與反應(yīng)條件
    根據(jù)核酸提取方案(如病毒DNA提取、總RNA提取等)設(shè)計流程,明確樣本數(shù)、試劑量、反應(yīng)時間等參數(shù)。
    第二步:配置硬件模塊
    選擇所需硬件模塊,包括自動移液器主機(jī)(OT-2)、磁力模塊、溫控模塊、移液槍頭、樣本板架等,確保其匹配所需操作。
    第三步:編寫或?qū)雲(yún)f(xié)議
    可使用 Protocol Designer 創(chuàng)建流程,也可從 Opentrons 社區(qū)導(dǎo)入已有核酸提取腳本,或使用 Python 編寫自定義協(xié)議,實現(xiàn)裂解、結(jié)合、清洗、洗脫等全流程自動化控制。
    第四步:加載樣本與試劑,啟動流程
    按照操作指南將樣本與磁珠、緩沖液等依次放置至板架或管架,確認(rèn)吸頭已安裝完畢后,一鍵啟動自動提取流程。整個操作過程中無需人工干預(yù)。
    第五步:完成提取并轉(zhuǎn)入后續(xù)實驗
    提取好的核酸可直接轉(zhuǎn)入熒光定量PCR、NGS建庫、芯片雜交等實驗,節(jié)省大量準(zhǔn)備時間并減少污染風(fēng)險。
    四、典型應(yīng)用場景
    病原體核酸快速提?。ㄈ缧鹿?、流感病毒RNA提?。?br>臨床前藥物篩選中的基因表達(dá)研究
    實驗室核酸樣本處理自動化改造項目
    教研機(jī)構(gòu)或診斷企業(yè)的NGS建庫前處理自動化工作站搭建

    核酸提取是每一個分子生物實驗的起點(diǎn),決定了下游數(shù)據(jù)的質(zhì)量與實驗成敗。通過引入自動移液器并構(gòu)建以 Opentrons 為核心的自動化提取平臺,實驗室不僅可以實現(xiàn)流程規(guī)范、質(zhì)量可控,還能在有限預(yù)算下完成對自動化的高效升級。其開放靈活、易用性強(qiáng)、成本可控的特點(diǎn),使得 Opentrons 成為當(dāng)前核酸提取自動化建設(shè)中的優(yōu)選方案。
    未來,實驗室自動化不僅是一種效率手段,更是科研規(guī)范性與實驗安全性的保障。選用合適的自動移液器,是實現(xiàn)這一目標(biāo)的重要起點(diǎn)。

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