Stephane Plaisance, VIB的分子生物學(xué)家，倡導(dǎo)引入自動化技術(shù)來改進(jìn)實驗室用于長讀長和短讀長測序的NGS文庫制備工作流程。

隨著測序服務(wù)的需求量增長，實驗室需要尋找能夠大幅度提升工作產(chǎn)能的方法，實驗室自動化就是簡化和擴(kuò)展測序操作的有效措施。比利時領(lǐng)先的生命科學(xué)研究所之一VIB Nucleomics的分子生物學(xué)家Stephane Plaisance選擇Opentrons自動化移液平臺，用于提升實驗室的 NGS 文庫制備工作效率。

復(fù)雜而乏味的實驗室工作限制了實驗室效率

VIB Nucleomics 是一個以測序為核心業(yè)務(wù)的研究所，致力于為 VIB 研究人員以及研究各種生命科學(xué)學(xué)科的外部學(xué)術(shù)和工業(yè)研究人員提供服務(wù)。

VIB 的 NGS 分析專家Stephane Plaisance與其他九名實驗室科學(xué)家一起共同完成實驗工作，包括 NGS 文庫制備、在不同平臺上進(jìn)行長讀長和短讀長測序以及全基因組表達(dá)分析。幾年前，他的團(tuán)隊面臨了實驗產(chǎn)出效率低的問題。冗長乏味的移液操作限制了他們的工作效率，并給他們的實驗室技術(shù)人員帶來了工作壓力。他們想用自動化來改善工作流程，但當(dāng)時許多大型 NGS 機(jī)器人不具備能夠適配實驗室項目多樣性的能力。

“ 我們開始關(guān)注大型、更昂貴的機(jī)器人，但這些機(jī)器人更適合高吞吐量的日常工作，而我們需要根據(jù)我們承擔(dān)的每個項目調(diào)整我們的流程。這是我們最終選擇Opentrons的原因，它具備較高的靈活性和性價比。”

–Stephane Plaisance

VIB將實驗室自動化集成到測序核心工作流程中

在進(jìn)行了全面的市場分析后，評估了產(chǎn)品性價比和使用靈活性，Stephane選擇了 Opentrons OT-2 自動化移液機(jī)器人，OT-2受到實驗室工作人員的一致好評。根據(jù)實驗室的特定應(yīng)用需求，他們逐漸調(diào)整出了最適合該實驗室的實驗流程協(xié)議。在他們購買了第一臺OT-2后不到兩年，VIB Nucleomics 又購買了四臺，現(xiàn)在有五臺 OT-2 自動化移液機(jī)器人協(xié)助他們完成不同的實驗室任務(wù)。其中三臺用于 Illumina NGS 文庫制備，負(fù)責(zé)自動化PCR前處理和后處理工作。

“ 對于 Illumina DNA 文庫準(zhǔn)備，我們在專用的 PCR 前處理實驗室中對一臺OT-2進(jìn)行初始樣本操作，然后我們將孔板從那個房間中取出進(jìn)行 PCR，然后我們使用第二臺OT-2進(jìn)行PCR后處理工作。”

–Stephane Plaisance

一臺OT-2用于研發(fā)，最后一臺OT-2用于在文庫制備完成后對樣本進(jìn)行重新混合。OT-2的靈活性和Opentrons團(tuán)隊提供的產(chǎn)品支持，再加上Plaisance和VIB團(tuán)隊的創(chuàng)造力，使得對該設(shè)施投資推動實驗室自動化取得了巨大成功。與此同時，一個包含1萬個樣本的宏基因組項目已經(jīng)成功使用OT-2流水線執(zhí)行，更多的大型項目即將到來！

了解更多關(guān)于在OT-2上自動化NGS文庫制備。